Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.9 ms