Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC21.08■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC21.08■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC21.08■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms