Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms