Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG1P18858 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG1P18858 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG1P18858 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG1P18858 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG1P18858 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG1P18858 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG1P18858 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG1P18858 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG1P18858 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG1P18858 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG1P18858 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG1P18858 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG1P18858 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG1P18858 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG1P18858 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG1P18858 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG1P18858 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIG1P18858 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIG1P18858 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIG1P18858 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC23.64■■□□□ 1.38
LIG1P18858 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIG1P18858 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIG1P18858 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIG1P18858 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIG1P18858 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIG1P18858 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIG1P18858 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIG1P18858 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIG1P18858 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIG1P18858 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
LIG1P18858 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIG1P18858 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIG1P18858 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG1P18858 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG1P18858 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG1P18858 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG1P18858 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG1P18858 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG1P18858 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG1P18858 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG1P18858 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG1P18858 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG1P18858 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG1P18858 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG1P18858 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG1P18858 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG1P18858 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG1P18858 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG1P18858 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG1P18858 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG1P18858 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG1P18858 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG1P18858 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG1P18858 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG1P18858 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG1P18858 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG1P18858 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG1P18858 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG1P18858 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG1P18858 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG1P18858 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG1P18858 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG1P18858 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG1P18858 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG1P18858 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG1P18858 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG1P18858 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG1P18858 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG1P18858 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG1P18858 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG1P18858 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG1P18858 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG1P18858 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG1P18858 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG1P18858 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG1P18858 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG1P18858 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG1P18858 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG1P18858 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG1P18858 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG1P18858 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG1P18858 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms