Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC42Q96M95 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.9 ms