Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
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