Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC36.12■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC36.12■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC36.12■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC36.12■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC36.11■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.11■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC36.11■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC36.11■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC36.1■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC36.1■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC36.1■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC36.1■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC36.1■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC36.09■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC36.09■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC36.09■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC36.09■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC36.09■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC36.09■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC36.09■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC36.09■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.09■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.08■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC36.08■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC36.08■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.08■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC36.08■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.08■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC36.07■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC36.07■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC36.07■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.07■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC36.07■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC36.07■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC36.07■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.06■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC36.06■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC36.06■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC36.04■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.04■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC36.04■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC36.04■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms