Protein–RNA interactions for Protein: Q15853

USF2, Upstream stimulatory factor 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 346 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF2Q15853 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF2Q15853 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF2Q15853 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF2Q15853 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF2Q15853 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF2Q15853 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF2Q15853 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
USF2Q15853 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 UNC13A-205ENST00000551649 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 ZNF644-201ENST00000337393 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USF2Q15853 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF2Q15853 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF2Q15853 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
USF2Q15853 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF2Q15853 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF2Q15853 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
USF2Q15853 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF2Q15853 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF2Q15853 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF2Q15853 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF2Q15853 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF2Q15853 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF2Q15853 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF2Q15853 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF2Q15853 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF2Q15853 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USF2Q15853 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
USF2Q15853 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 ADGRG2-202ENST00000354791 4494 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF2Q15853 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
USF2Q15853 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
USF2Q15853 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms