Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

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Length 867 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
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SP140Q13342 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SP140Q13342 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SP140Q13342 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SP140Q13342 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SP140Q13342 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
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SP140Q13342 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
SP140Q13342 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SP140Q13342 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SP140Q13342 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SP140Q13342 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SP140Q13342 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SP140Q13342 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SP140Q13342 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
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SP140Q13342 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SP140Q13342 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
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SP140Q13342 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
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SP140Q13342 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SP140Q13342 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SP140Q13342 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SP140Q13342 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SP140Q13342 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SP140Q13342 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
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SP140Q13342 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SP140Q13342 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SP140Q13342 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SP140Q13342 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
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SP140Q13342 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
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SP140Q13342 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
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SP140Q13342 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SP140Q13342 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SP140Q13342 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
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SP140Q13342 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SP140Q13342 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SP140Q13342 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
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SP140Q13342 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
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SP140Q13342 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
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SP140Q13342 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SP140Q13342 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
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SP140Q13342 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SP140Q13342 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SP140Q13342 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SP140Q13342 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
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SP140Q13342 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SP140Q13342 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
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SP140Q13342 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SP140Q13342 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SP140Q13342 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SP140Q13342 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SP140Q13342 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SP140Q13342 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SP140Q13342 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SP140Q13342 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SP140Q13342 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SP140Q13342 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SP140Q13342 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SP140Q13342 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SP140Q13342 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
SP140Q13342 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
SP140Q13342 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
SP140Q13342 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SP140Q13342 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
SP140Q13342 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
SP140Q13342 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SP140Q13342 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SP140Q13342 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SP140Q13342 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SP140Q13342 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SP140Q13342 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SP140Q13342 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
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