Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY59

SMPD3, Sphingomyelin phosphodiesterase 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 655 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMPD3Q9NY59 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SMPD3Q9NY59 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 145.3 ms