Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS39Q96JC1 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS39Q96JC1 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS39Q96JC1 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS39Q96JC1 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS39Q96JC1 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS39Q96JC1 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms