Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SKA3Q8IX90 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms