Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.9 ms