Protein–RNA interactions for Protein: P48742

LHX1, LIM/homeobox protein Lhx1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX1P48742 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX1P48742 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX1P48742 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX1P48742 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX1P48742 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX1P48742 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX1P48742 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX1P48742 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX1P48742 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX1P48742 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX1P48742 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX1P48742 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX1P48742 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX1P48742 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX1P48742 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX1P48742 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX1P48742 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX1P48742 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX1P48742 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.11
LHX1P48742 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX1P48742 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LHX1P48742 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LHX1P48742 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LHX1P48742 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LHX1P48742 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC22■■□□□ 1.11
LHX1P48742 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LHX1P48742 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LHX1P48742 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LHX1P48742 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LHX1P48742 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
LHX1P48742 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LHX1P48742 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LHX1P48742 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LHX1P48742 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LHX1P48742 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LHX1P48742 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LHX1P48742 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX1P48742 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX1P48742 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX1P48742 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX1P48742 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX1P48742 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX1P48742 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX1P48742 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX1P48742 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX1P48742 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX1P48742 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX1P48742 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX1P48742 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX1P48742 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX1P48742 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX1P48742 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX1P48742 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX1P48742 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX1P48742 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX1P48742 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX1P48742 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX1P48742 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX1P48742 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX1P48742 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX1P48742 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX1P48742 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX1P48742 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX1P48742 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX1P48742 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX1P48742 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX1P48742 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX1P48742 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX1P48742 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX1P48742 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX1P48742 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX1P48742 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX1P48742 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX1P48742 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX1P48742 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX1P48742 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX1P48742 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms