Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms