Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC112Q8NEF3 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC112Q8NEF3 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.9 ms