Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.6
VPS53Q5VIR6 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.1 ms