Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC31.56■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC31.55■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.55■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC31.55■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC31.55■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC31.55■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC31.55■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC31.54■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC31.54■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC31.54■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC31.54■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC31.54■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC31.54■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC31.54■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC31.53■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC31.53■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC31.53■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC31.53■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC31.53■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.53■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC31.52■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC31.52■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.52■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC31.52■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.52■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC31.52■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC31.52■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC31.52■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC31.52■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.51■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.51■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC31.51■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC31.51■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC31.5■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC31.5■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC31.5■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC31.5■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.5■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC31.49■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC31.49■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC31.49■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC31.48■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC31.48■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC31.48■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC31.48■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC31.48■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC31.48■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.48■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC31.47■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC31.47■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC31.47■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC31.47■■■□□ 2.63
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