Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CLDN3O15551 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms