Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.3 ms