Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.7 ms