Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP41Q3LFD5 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms