Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
HOXA4Q00056 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms