Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

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Length 520 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
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