Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CHMP4AQ9BY43 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms