Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms