Protein–RNA interactions for Protein: P62684

HERVK_113, Endogenous retrovirus group K member 113 Gag polyprotein, humanhuman

Predictions only

Length 666 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERVK_113P62684 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HERVK_113P62684 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HERVK_113P62684 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms