Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BDNFP23560 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BDNFP23560 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BDNFP23560 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
BDNFP23560 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BDNFP23560 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BDNFP23560 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BDNFP23560 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BDNFP23560 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
BDNFP23560 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
BDNFP23560 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BDNFP23560 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BDNFP23560 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BDNFP23560 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BDNFP23560 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BDNFP23560 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BDNFP23560 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BDNFP23560 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BDNFP23560 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BDNFP23560 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BDNFP23560 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BDNFP23560 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BDNFP23560 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BDNFP23560 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BDNFP23560 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BDNFP23560 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BDNFP23560 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BDNFP23560 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BDNFP23560 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BDNFP23560 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
BDNFP23560 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
BDNFP23560 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
BDNFP23560 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
BDNFP23560 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BDNFP23560 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BDNFP23560 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BDNFP23560 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BDNFP23560 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BDNFP23560 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BDNFP23560 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BDNFP23560 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
BDNFP23560 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BDNFP23560 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
BDNFP23560 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BDNFP23560 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BDNFP23560 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BDNFP23560 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BDNFP23560 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BDNFP23560 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BDNFP23560 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BDNFP23560 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BDNFP23560 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BDNFP23560 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BDNFP23560 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
BDNFP23560 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BDNFP23560 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.9 ms