Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A3P12111 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms