Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC20.95■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS39Q96JC1 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms