Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP39Q53GS9 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP39Q53GS9 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP39Q53GS9 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP39Q53GS9 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP39Q53GS9 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
USP39Q53GS9 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP39Q53GS9 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP39Q53GS9 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP39Q53GS9 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
USP39Q53GS9 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
USP39Q53GS9 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP39Q53GS9 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP39Q53GS9 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
USP39Q53GS9 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP39Q53GS9 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP39Q53GS9 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP39Q53GS9 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms