Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP4Q13107 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP4Q13107 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP4Q13107 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP4Q13107 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP4Q13107 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP4Q13107 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP4Q13107 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP4Q13107 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP4Q13107 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP4Q13107 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP4Q13107 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP4Q13107 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP4Q13107 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP4Q13107 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP4Q13107 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP4Q13107 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP4Q13107 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP4Q13107 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
USP4Q13107 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP4Q13107 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP4Q13107 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
USP4Q13107 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP4Q13107 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP4Q13107 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP4Q13107 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP4Q13107 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP4Q13107 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP4Q13107 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP4Q13107 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP4Q13107 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP4Q13107 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP4Q13107 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP4Q13107 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP4Q13107 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP4Q13107 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP4Q13107 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP4Q13107 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
USP4Q13107 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
USP4Q13107 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP4Q13107 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP4Q13107 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP4Q13107 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP4Q13107 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
USP4Q13107 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
USP4Q13107 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP4Q13107 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP4Q13107 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
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