Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
LIG1P18858 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.44
LIG1P18858 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
LIG1P18858 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
LIG1P18858 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
LIG1P18858 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
LIG1P18858 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG1P18858 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG1P18858 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG1P18858 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG1P18858 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG1P18858 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG1P18858 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG1P18858 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG1P18858 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG1P18858 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG1P18858 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG1P18858 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG1P18858 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG1P18858 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG1P18858 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG1P18858 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG1P18858 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG1P18858 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG1P18858 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG1P18858 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG1P18858 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG1P18858 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG1P18858 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG1P18858 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG1P18858 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG1P18858 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG1P18858 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG1P18858 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG1P18858 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG1P18858 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG1P18858 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG1P18858 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG1P18858 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG1P18858 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG1P18858 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG1P18858 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG1P18858 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG1P18858 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG1P18858 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG1P18858 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG1P18858 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG1P18858 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG1P18858 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG1P18858 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG1P18858 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG1P18858 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG1P18858 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG1P18858 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG1P18858 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG1P18858 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG1P18858 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG1P18858 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG1P18858 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG1P18858 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG1P18858 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG1P18858 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG1P18858 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG1P18858 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG1P18858 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG1P18858 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG1P18858 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.43
LIG1P18858 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG1P18858 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG1P18858 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG1P18858 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG1P18858 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG1P18858 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG1P18858 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG1P18858 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG1P18858 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG1P18858 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG1P18858 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG1P18858 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG1P18858 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG1P18858 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms