Protein–RNA interactions for Protein: P17096

HMGA1, High mobility group protein HMG-I/HMG-Y, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 107 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGA1P17096 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HMGA1P17096 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
HMGA1P17096 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
HMGA1P17096 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
HMGA1P17096 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
HMGA1P17096 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
HMGA1P17096 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
HMGA1P17096 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC21.88■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HMGA1P17096 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms