Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SCN3AQ9NY46 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN3AQ9NY46 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN3AQ9NY46 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN3AQ9NY46 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN3AQ9NY46 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SCN3AQ9NY46 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SCN3AQ9NY46 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN3AQ9NY46 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN3AQ9NY46 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN3AQ9NY46 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SCN3AQ9NY46 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SCN3AQ9NY46 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SCN3AQ9NY46 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SCN3AQ9NY46 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SCN3AQ9NY46 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SCN3AQ9NY46 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SCN3AQ9NY46 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SCN3AQ9NY46 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN3AQ9NY46 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN3AQ9NY46 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN3AQ9NY46 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN3AQ9NY46 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN3AQ9NY46 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SCN3AQ9NY46 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN3AQ9NY46 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN3AQ9NY46 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN3AQ9NY46 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN3AQ9NY46 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN3AQ9NY46 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN3AQ9NY46 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN3AQ9NY46 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN3AQ9NY46 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN3AQ9NY46 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN3AQ9NY46 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.63
SCN3AQ9NY46 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SCN3AQ9NY46 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCN3AQ9NY46 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN3AQ9NY46 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN3AQ9NY46 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN3AQ9NY46 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN3AQ9NY46 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN3AQ9NY46 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN3AQ9NY46 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN3AQ9NY46 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN3AQ9NY46 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SCN3AQ9NY46 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SCN3AQ9NY46 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN3AQ9NY46 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN3AQ9NY46 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN3AQ9NY46 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN3AQ9NY46 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN3AQ9NY46 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN3AQ9NY46 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN3AQ9NY46 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.5 ms