Protein–RNA interactions for Protein: Q9HBJ7

USP29, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 29, humanhuman

Predictions only

Length 922 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP29Q9HBJ7 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP29Q9HBJ7 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP29Q9HBJ7 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
USP29Q9HBJ7 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
USP29Q9HBJ7 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP29Q9HBJ7 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP29Q9HBJ7 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
USP29Q9HBJ7 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP29Q9HBJ7 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP29Q9HBJ7 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP29Q9HBJ7 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP29Q9HBJ7 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP29Q9HBJ7 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP29Q9HBJ7 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP29Q9HBJ7 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP29Q9HBJ7 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP29Q9HBJ7 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP29Q9HBJ7 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP29Q9HBJ7 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP29Q9HBJ7 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
USP29Q9HBJ7 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
USP29Q9HBJ7 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP29Q9HBJ7 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP29Q9HBJ7 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP29Q9HBJ7 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP29Q9HBJ7 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP29Q9HBJ7 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP29Q9HBJ7 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP29Q9HBJ7 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP29Q9HBJ7 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP29Q9HBJ7 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP29Q9HBJ7 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP29Q9HBJ7 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP29Q9HBJ7 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
USP29Q9HBJ7 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP29Q9HBJ7 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP29Q9HBJ7 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP29Q9HBJ7 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP29Q9HBJ7 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP29Q9HBJ7 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP29Q9HBJ7 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP29Q9HBJ7 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP29Q9HBJ7 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP29Q9HBJ7 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP29Q9HBJ7 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP29Q9HBJ7 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP29Q9HBJ7 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP29Q9HBJ7 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
USP29Q9HBJ7 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP29Q9HBJ7 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP29Q9HBJ7 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP29Q9HBJ7 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP29Q9HBJ7 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP29Q9HBJ7 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP29Q9HBJ7 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP29Q9HBJ7 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP29Q9HBJ7 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP29Q9HBJ7 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP29Q9HBJ7 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP29Q9HBJ7 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP29Q9HBJ7 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP29Q9HBJ7 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP29Q9HBJ7 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms