Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC33■■■□□ 2.87
ZNF541Q9H0D2 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33■■■□□ 2.87
ZNF541Q9H0D2 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
ZNF541Q9H0D2 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC32.98■■■□□ 2.87
ZNF541Q9H0D2 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
ZNF541Q9H0D2 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
ZNF541Q9H0D2 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
ZNF541Q9H0D2 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
ZNF541Q9H0D2 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
ZNF541Q9H0D2 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.86
ZNF541Q9H0D2 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
ZNF541Q9H0D2 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
ZNF541Q9H0D2 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
ZNF541Q9H0D2 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC32.92■■■□□ 2.86
ZNF541Q9H0D2 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC32.92■■■□□ 2.86
ZNF541Q9H0D2 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC32.91■■■□□ 2.86
ZNF541Q9H0D2 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC32.91■■■□□ 2.86
ZNF541Q9H0D2 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
ZNF541Q9H0D2 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
ZNF541Q9H0D2 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
ZNF541Q9H0D2 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.9■■■□□ 2.86
ZNF541Q9H0D2 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
ZNF541Q9H0D2 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC32.88■■■□□ 2.85
ZNF541Q9H0D2 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
ZNF541Q9H0D2 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
ZNF541Q9H0D2 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
ZNF541Q9H0D2 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC32.84■■■□□ 2.85
ZNF541Q9H0D2 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC32.83■■■□□ 2.85
ZNF541Q9H0D2 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
ZNF541Q9H0D2 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
ZNF541Q9H0D2 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
ZNF541Q9H0D2 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
ZNF541Q9H0D2 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
ZNF541Q9H0D2 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
ZNF541Q9H0D2 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.78■■■□□ 2.84
ZNF541Q9H0D2 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
ZNF541Q9H0D2 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
ZNF541Q9H0D2 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
ZNF541Q9H0D2 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC32.76■■■□□ 2.83
ZNF541Q9H0D2 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
ZNF541Q9H0D2 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
ZNF541Q9H0D2 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
ZNF541Q9H0D2 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
ZNF541Q9H0D2 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC32.75■■■□□ 2.83
ZNF541Q9H0D2 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC32.75■■■□□ 2.83
ZNF541Q9H0D2 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
ZNF541Q9H0D2 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
ZNF541Q9H0D2 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
ZNF541Q9H0D2 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
ZNF541Q9H0D2 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
ZNF541Q9H0D2 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
ZNF541Q9H0D2 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
ZNF541Q9H0D2 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
ZNF541Q9H0D2 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC32.71■■■□□ 2.83
ZNF541Q9H0D2 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC32.7■■■□□ 2.82
ZNF541Q9H0D2 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC32.69■■■□□ 2.82
ZNF541Q9H0D2 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC32.68■■■□□ 2.82
ZNF541Q9H0D2 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
ZNF541Q9H0D2 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC32.67■■■□□ 2.82
ZNF541Q9H0D2 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC32.65■■■□□ 2.82
ZNF541Q9H0D2 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC32.65■■■□□ 2.82
ZNF541Q9H0D2 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
ZNF541Q9H0D2 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
ZNF541Q9H0D2 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
ZNF541Q9H0D2 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.62■■■□□ 2.81
ZNF541Q9H0D2 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
ZNF541Q9H0D2 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
ZNF541Q9H0D2 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
ZNF541Q9H0D2 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC32.61■■■□□ 2.81
ZNF541Q9H0D2 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
ZNF541Q9H0D2 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
ZNF541Q9H0D2 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
ZNF541Q9H0D2 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
ZNF541Q9H0D2 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
ZNF541Q9H0D2 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
ZNF541Q9H0D2 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
ZNF541Q9H0D2 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
ZNF541Q9H0D2 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
ZNF541Q9H0D2 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC32.57■■■□□ 2.8
ZNF541Q9H0D2 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC32.57■■■□□ 2.8
ZNF541Q9H0D2 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
ZNF541Q9H0D2 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC32.56■■■□□ 2.8
ZNF541Q9H0D2 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.56■■■□□ 2.8
ZNF541Q9H0D2 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.55■■■□□ 2.8
ZNF541Q9H0D2 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
ZNF541Q9H0D2 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC32.54■■■□□ 2.8
ZNF541Q9H0D2 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
ZNF541Q9H0D2 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
ZNF541Q9H0D2 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
ZNF541Q9H0D2 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC32.53■■■□□ 2.8
ZNF541Q9H0D2 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC32.51■■■□□ 2.79
ZNF541Q9H0D2 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
ZNF541Q9H0D2 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC32.5■■■□□ 2.79
ZNF541Q9H0D2 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC32.5■■■□□ 2.79
ZNF541Q9H0D2 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
ZNF541Q9H0D2 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC32.49■■■□□ 2.79
ZNF541Q9H0D2 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC32.49■■■□□ 2.79
ZNF541Q9H0D2 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC32.48■■■□□ 2.79
ZNF541Q9H0D2 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.47■■■□□ 2.79
ZNF541Q9H0D2 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC32.47■■■□□ 2.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms