Protein–RNA interactions for Protein: Q9C0C7

AMBRA1, Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
AMBRA1Q9C0C7 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
AMBRA1Q9C0C7 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
AMBRA1Q9C0C7 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
AMBRA1Q9C0C7 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
AMBRA1Q9C0C7 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
AMBRA1Q9C0C7 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
AMBRA1Q9C0C7 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
AMBRA1Q9C0C7 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
AMBRA1Q9C0C7 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
AMBRA1Q9C0C7 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
AMBRA1Q9C0C7 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
AMBRA1Q9C0C7 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
AMBRA1Q9C0C7 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
AMBRA1Q9C0C7 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
AMBRA1Q9C0C7 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
AMBRA1Q9C0C7 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
AMBRA1Q9C0C7 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
AMBRA1Q9C0C7 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
AMBRA1Q9C0C7 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
AMBRA1Q9C0C7 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
AMBRA1Q9C0C7 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
AMBRA1Q9C0C7 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
AMBRA1Q9C0C7 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
AMBRA1Q9C0C7 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
AMBRA1Q9C0C7 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
AMBRA1Q9C0C7 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
AMBRA1Q9C0C7 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
AMBRA1Q9C0C7 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
AMBRA1Q9C0C7 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
AMBRA1Q9C0C7 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
AMBRA1Q9C0C7 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
AMBRA1Q9C0C7 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
AMBRA1Q9C0C7 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
AMBRA1Q9C0C7 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
AMBRA1Q9C0C7 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.71■■□□□ 1.55
AMBRA1Q9C0C7 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
AMBRA1Q9C0C7 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
AMBRA1Q9C0C7 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
AMBRA1Q9C0C7 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
AMBRA1Q9C0C7 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
AMBRA1Q9C0C7 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
AMBRA1Q9C0C7 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
AMBRA1Q9C0C7 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
AMBRA1Q9C0C7 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.66■■□□□ 1.54
AMBRA1Q9C0C7 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
AMBRA1Q9C0C7 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
AMBRA1Q9C0C7 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
AMBRA1Q9C0C7 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
AMBRA1Q9C0C7 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
AMBRA1Q9C0C7 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
AMBRA1Q9C0C7 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
AMBRA1Q9C0C7 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
AMBRA1Q9C0C7 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
AMBRA1Q9C0C7 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
AMBRA1Q9C0C7 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
AMBRA1Q9C0C7 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
AMBRA1Q9C0C7 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
AMBRA1Q9C0C7 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
AMBRA1Q9C0C7 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
AMBRA1Q9C0C7 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
AMBRA1Q9C0C7 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
AMBRA1Q9C0C7 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
AMBRA1Q9C0C7 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
AMBRA1Q9C0C7 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
AMBRA1Q9C0C7 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
AMBRA1Q9C0C7 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
AMBRA1Q9C0C7 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
AMBRA1Q9C0C7 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
AMBRA1Q9C0C7 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
AMBRA1Q9C0C7 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
AMBRA1Q9C0C7 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
AMBRA1Q9C0C7 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
AMBRA1Q9C0C7 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
AMBRA1Q9C0C7 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
AMBRA1Q9C0C7 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
AMBRA1Q9C0C7 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
AMBRA1Q9C0C7 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.3 ms