Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
VPS39Q96JC1 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
VPS39Q96JC1 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS39Q96JC1 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS39Q96JC1 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS39Q96JC1 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS39Q96JC1 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS39Q96JC1 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
VPS39Q96JC1 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
VPS39Q96JC1 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
VPS39Q96JC1 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC26.64■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC26.6■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS39Q96JC1 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS39Q96JC1 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS39Q96JC1 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS39Q96JC1 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS39Q96JC1 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS39Q96JC1 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS39Q96JC1 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS39Q96JC1 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS39Q96JC1 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS39Q96JC1 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
VPS39Q96JC1 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS39Q96JC1 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
VPS39Q96JC1 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS39Q96JC1 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS39Q96JC1 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VPS39Q96JC1 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
VPS39Q96JC1 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS39Q96JC1 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS39Q96JC1 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS39Q96JC1 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS39Q96JC1 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS39Q96JC1 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS39Q96JC1 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
VPS39Q96JC1 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
VPS39Q96JC1 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS39Q96JC1 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS39Q96JC1 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS39Q96JC1 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS39Q96JC1 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS39Q96JC1 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS39Q96JC1 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS39Q96JC1 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS39Q96JC1 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS39Q96JC1 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS39Q96JC1 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS39Q96JC1 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS39Q96JC1 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS39Q96JC1 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS39Q96JC1 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS39Q96JC1 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC26.39■■□□□ 1.81
VPS39Q96JC1 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS39Q96JC1 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS39Q96JC1 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS39Q96JC1 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS39Q96JC1 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS39Q96JC1 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS39Q96JC1 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS39Q96JC1 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS39Q96JC1 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS39Q96JC1 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS39Q96JC1 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS39Q96JC1 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS39Q96JC1 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS39Q96JC1 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS39Q96JC1 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS39Q96JC1 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS39Q96JC1 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
VPS39Q96JC1 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS39Q96JC1 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS39Q96JC1 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.9 ms