Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC112Q8NEF3 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC112Q8NEF3 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC112Q8NEF3 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.27
CCDC112Q8NEF3 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC112Q8NEF3 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC112Q8NEF3 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC112Q8NEF3 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CCDC112Q8NEF3 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CCDC112Q8NEF3 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CCDC112Q8NEF3 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CCDC112Q8NEF3 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC112Q8NEF3 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC112Q8NEF3 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC112Q8NEF3 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC112Q8NEF3 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC112Q8NEF3 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC112Q8NEF3 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC112Q8NEF3 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC112Q8NEF3 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC112Q8NEF3 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC112Q8NEF3 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC112Q8NEF3 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC112Q8NEF3 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC112Q8NEF3 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC112Q8NEF3 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC112Q8NEF3 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC112Q8NEF3 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC112Q8NEF3 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC112Q8NEF3 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC112Q8NEF3 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC112Q8NEF3 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC112Q8NEF3 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC112Q8NEF3 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC112Q8NEF3 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC112Q8NEF3 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC112Q8NEF3 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC112Q8NEF3 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC112Q8NEF3 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC112Q8NEF3 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC112Q8NEF3 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC112Q8NEF3 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC112Q8NEF3 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC112Q8NEF3 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC112Q8NEF3 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC112Q8NEF3 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC112Q8NEF3 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC112Q8NEF3 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC112Q8NEF3 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC112Q8NEF3 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC112Q8NEF3 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC112Q8NEF3 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC112Q8NEF3 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC112Q8NEF3 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC112Q8NEF3 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC112Q8NEF3 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC112Q8NEF3 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC112Q8NEF3 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC112Q8NEF3 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC112Q8NEF3 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC112Q8NEF3 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC112Q8NEF3 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC112Q8NEF3 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
CCDC112Q8NEF3 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC112Q8NEF3 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC112Q8NEF3 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC112Q8NEF3 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC112Q8NEF3 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC112Q8NEF3 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC112Q8NEF3 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC112Q8NEF3 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC112Q8NEF3 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC112Q8NEF3 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC112Q8NEF3 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC112Q8NEF3 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC112Q8NEF3 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC112Q8NEF3 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC112Q8NEF3 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC112Q8NEF3 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
CCDC112Q8NEF3 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
CCDC112Q8NEF3 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC112Q8NEF3 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC112Q8NEF3 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC112Q8NEF3 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC112Q8NEF3 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC112Q8NEF3 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC112Q8NEF3 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC112Q8NEF3 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC112Q8NEF3 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC112Q8NEF3 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC112Q8NEF3 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC112Q8NEF3 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC112Q8NEF3 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC112Q8NEF3 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC112Q8NEF3 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC112Q8NEF3 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC112Q8NEF3 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC112Q8NEF3 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC112Q8NEF3 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC112Q8NEF3 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 171.2 ms