Protein–RNA interactions for Protein: Q8N1M1

BEST3, Bestrophin-3, humanhuman

Predictions only

Length 668 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BEST3Q8N1M1 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC24.71■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.64■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
BEST3Q8N1M1 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
BEST3Q8N1M1 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
BEST3Q8N1M1 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
BEST3Q8N1M1 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
BEST3Q8N1M1 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
BEST3Q8N1M1 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BEST3Q8N1M1 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BEST3Q8N1M1 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
BEST3Q8N1M1 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
BEST3Q8N1M1 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
BEST3Q8N1M1 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
BEST3Q8N1M1 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
BEST3Q8N1M1 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
BEST3Q8N1M1 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BEST3Q8N1M1 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BEST3Q8N1M1 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BEST3Q8N1M1 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
BEST3Q8N1M1 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
BEST3Q8N1M1 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
BEST3Q8N1M1 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
BEST3Q8N1M1 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
BEST3Q8N1M1 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
BEST3Q8N1M1 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
BEST3Q8N1M1 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
BEST3Q8N1M1 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
BEST3Q8N1M1 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
BEST3Q8N1M1 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
BEST3Q8N1M1 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
BEST3Q8N1M1 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
BEST3Q8N1M1 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
BEST3Q8N1M1 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
BEST3Q8N1M1 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
BEST3Q8N1M1 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
BEST3Q8N1M1 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
BEST3Q8N1M1 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
BEST3Q8N1M1 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
BEST3Q8N1M1 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
BEST3Q8N1M1 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
BEST3Q8N1M1 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
BEST3Q8N1M1 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
BEST3Q8N1M1 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
BEST3Q8N1M1 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
BEST3Q8N1M1 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
BEST3Q8N1M1 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
BEST3Q8N1M1 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
BEST3Q8N1M1 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
BEST3Q8N1M1 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
BEST3Q8N1M1 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
BEST3Q8N1M1 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
BEST3Q8N1M1 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
BEST3Q8N1M1 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
BEST3Q8N1M1 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
BEST3Q8N1M1 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.45■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms