Protein–RNA interactions for Protein: Q8IWP9

CCDC28A, Coiled-coil domain-containing protein 28A, humanhuman

Predictions only

Length 274 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28AQ8IWP9 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC28AQ8IWP9 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC28AQ8IWP9 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC28AQ8IWP9 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC28AQ8IWP9 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC28AQ8IWP9 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC28AQ8IWP9 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC28AQ8IWP9 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC28AQ8IWP9 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC28AQ8IWP9 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28AQ8IWP9 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28AQ8IWP9 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28AQ8IWP9 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28AQ8IWP9 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC28AQ8IWP9 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC28AQ8IWP9 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC28AQ8IWP9 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC28AQ8IWP9 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC28AQ8IWP9 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC28AQ8IWP9 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC28AQ8IWP9 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC28AQ8IWP9 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC28AQ8IWP9 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28AQ8IWP9 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28AQ8IWP9 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28AQ8IWP9 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28AQ8IWP9 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC28AQ8IWP9 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC28AQ8IWP9 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC28AQ8IWP9 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC28AQ8IWP9 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC28AQ8IWP9 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC28AQ8IWP9 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC28AQ8IWP9 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC28AQ8IWP9 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC28AQ8IWP9 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC28AQ8IWP9 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC28AQ8IWP9 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC28AQ8IWP9 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC28AQ8IWP9 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC28AQ8IWP9 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC28AQ8IWP9 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms