Protein–RNA interactions for Protein: Q86VR2

RETREG3, Reticulophagy regulator 3, humanhuman

Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RETREG3Q86VR2 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
RETREG3Q86VR2 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
RETREG3Q86VR2 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
RETREG3Q86VR2 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
RETREG3Q86VR2 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
RETREG3Q86VR2 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
RETREG3Q86VR2 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
RETREG3Q86VR2 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
RETREG3Q86VR2 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
RETREG3Q86VR2 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
RETREG3Q86VR2 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
RETREG3Q86VR2 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
RETREG3Q86VR2 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
RETREG3Q86VR2 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RETREG3Q86VR2 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RETREG3Q86VR2 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
RETREG3Q86VR2 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
RETREG3Q86VR2 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RETREG3Q86VR2 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RETREG3Q86VR2 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
RETREG3Q86VR2 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
RETREG3Q86VR2 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
RETREG3Q86VR2 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
RETREG3Q86VR2 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
RETREG3Q86VR2 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
RETREG3Q86VR2 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
RETREG3Q86VR2 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
RETREG3Q86VR2 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
RETREG3Q86VR2 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
RETREG3Q86VR2 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
RETREG3Q86VR2 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
RETREG3Q86VR2 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
RETREG3Q86VR2 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
RETREG3Q86VR2 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
RETREG3Q86VR2 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
RETREG3Q86VR2 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
RETREG3Q86VR2 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
RETREG3Q86VR2 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
RETREG3Q86VR2 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
RETREG3Q86VR2 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
RETREG3Q86VR2 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
RETREG3Q86VR2 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
RETREG3Q86VR2 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
RETREG3Q86VR2 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
RETREG3Q86VR2 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
RETREG3Q86VR2 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
RETREG3Q86VR2 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
RETREG3Q86VR2 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
RETREG3Q86VR2 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
RETREG3Q86VR2 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
RETREG3Q86VR2 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
RETREG3Q86VR2 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
RETREG3Q86VR2 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.2■■□□□ 1.63
RETREG3Q86VR2 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
RETREG3Q86VR2 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
RETREG3Q86VR2 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
RETREG3Q86VR2 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
RETREG3Q86VR2 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
RETREG3Q86VR2 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
RETREG3Q86VR2 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
RETREG3Q86VR2 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
RETREG3Q86VR2 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
RETREG3Q86VR2 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
RETREG3Q86VR2 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
RETREG3Q86VR2 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
RETREG3Q86VR2 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
RETREG3Q86VR2 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
RETREG3Q86VR2 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
RETREG3Q86VR2 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
RETREG3Q86VR2 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
RETREG3Q86VR2 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
RETREG3Q86VR2 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
RETREG3Q86VR2 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
RETREG3Q86VR2 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
RETREG3Q86VR2 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
RETREG3Q86VR2 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
RETREG3Q86VR2 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
RETREG3Q86VR2 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
RETREG3Q86VR2 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.8 ms