Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP53Q70EK8 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP53Q70EK8 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP53Q70EK8 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP53Q70EK8 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP53Q70EK8 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP53Q70EK8 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP53Q70EK8 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP53Q70EK8 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
USP53Q70EK8 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP53Q70EK8 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP53Q70EK8 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP53Q70EK8 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP53Q70EK8 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP53Q70EK8 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP53Q70EK8 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP53Q70EK8 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP53Q70EK8 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP53Q70EK8 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP53Q70EK8 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP53Q70EK8 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP53Q70EK8 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP53Q70EK8 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP53Q70EK8 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP53Q70EK8 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP53Q70EK8 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP53Q70EK8 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP53Q70EK8 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP53Q70EK8 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP53Q70EK8 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP53Q70EK8 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP53Q70EK8 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP53Q70EK8 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP53Q70EK8 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP53Q70EK8 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP53Q70EK8 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP53Q70EK8 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP53Q70EK8 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP53Q70EK8 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP53Q70EK8 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP53Q70EK8 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP53Q70EK8 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP53Q70EK8 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP53Q70EK8 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms