Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.13■■■□□ 2.73
VPS53Q5VIR6 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
VPS53Q5VIR6 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
VPS53Q5VIR6 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC32.12■■■□□ 2.73
VPS53Q5VIR6 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
VPS53Q5VIR6 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
VPS53Q5VIR6 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
VPS53Q5VIR6 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
VPS53Q5VIR6 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC32.09■■■□□ 2.73
VPS53Q5VIR6 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC32.08■■■□□ 2.73
VPS53Q5VIR6 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.08■■■□□ 2.73
VPS53Q5VIR6 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
VPS53Q5VIR6 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
VPS53Q5VIR6 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC32.06■■■□□ 2.72
VPS53Q5VIR6 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC32.04■■■□□ 2.72
VPS53Q5VIR6 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
VPS53Q5VIR6 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
VPS53Q5VIR6 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
VPS53Q5VIR6 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
VPS53Q5VIR6 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
VPS53Q5VIR6 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC32.03■■■□□ 2.72
VPS53Q5VIR6 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
VPS53Q5VIR6 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
VPS53Q5VIR6 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
VPS53Q5VIR6 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
VPS53Q5VIR6 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC32.02■■■□□ 2.72
VPS53Q5VIR6 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
VPS53Q5VIR6 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.01■■■□□ 2.71
VPS53Q5VIR6 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC32■■■□□ 2.71
VPS53Q5VIR6 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC32■■■□□ 2.71
VPS53Q5VIR6 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
VPS53Q5VIR6 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
VPS53Q5VIR6 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
VPS53Q5VIR6 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
VPS53Q5VIR6 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC31.97■■■□□ 2.71
VPS53Q5VIR6 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC31.97■■■□□ 2.71
VPS53Q5VIR6 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC31.97■■■□□ 2.71
VPS53Q5VIR6 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC31.97■■■□□ 2.71
VPS53Q5VIR6 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
VPS53Q5VIR6 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.96■■■□□ 2.71
VPS53Q5VIR6 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC31.96■■■□□ 2.71
VPS53Q5VIR6 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
VPS53Q5VIR6 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
VPS53Q5VIR6 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.7
VPS53Q5VIR6 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.7
VPS53Q5VIR6 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC31.94■■■□□ 2.7
VPS53Q5VIR6 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
VPS53Q5VIR6 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.93■■■□□ 2.7
VPS53Q5VIR6 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
VPS53Q5VIR6 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
VPS53Q5VIR6 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
VPS53Q5VIR6 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
VPS53Q5VIR6 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.91■■■□□ 2.7
VPS53Q5VIR6 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC31.91■■■□□ 2.7
VPS53Q5VIR6 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
VPS53Q5VIR6 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC31.89■■■□□ 2.7
VPS53Q5VIR6 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC31.89■■■□□ 2.69
VPS53Q5VIR6 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC31.88■■■□□ 2.69
VPS53Q5VIR6 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
VPS53Q5VIR6 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
VPS53Q5VIR6 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC31.87■■■□□ 2.69
VPS53Q5VIR6 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
VPS53Q5VIR6 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC31.86■■■□□ 2.69
VPS53Q5VIR6 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC31.86■■■□□ 2.69
VPS53Q5VIR6 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
VPS53Q5VIR6 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
VPS53Q5VIR6 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
VPS53Q5VIR6 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC31.85■■■□□ 2.69
VPS53Q5VIR6 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
VPS53Q5VIR6 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
VPS53Q5VIR6 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.84■■■□□ 2.69
VPS53Q5VIR6 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
VPS53Q5VIR6 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
VPS53Q5VIR6 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
VPS53Q5VIR6 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
VPS53Q5VIR6 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
VPS53Q5VIR6 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
VPS53Q5VIR6 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC31.81■■■□□ 2.68
VPS53Q5VIR6 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
VPS53Q5VIR6 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
VPS53Q5VIR6 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
VPS53Q5VIR6 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
VPS53Q5VIR6 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC31.79■■■□□ 2.68
VPS53Q5VIR6 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
VPS53Q5VIR6 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
VPS53Q5VIR6 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
VPS53Q5VIR6 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.68
VPS53Q5VIR6 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC31.76■■■□□ 2.67
VPS53Q5VIR6 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.76■■■□□ 2.67
VPS53Q5VIR6 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
VPS53Q5VIR6 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC31.75■■■□□ 2.67
VPS53Q5VIR6 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC31.75■■■□□ 2.67
VPS53Q5VIR6 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
VPS53Q5VIR6 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.75■■■□□ 2.67
VPS53Q5VIR6 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC31.74■■■□□ 2.67
VPS53Q5VIR6 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC31.74■■■□□ 2.67
VPS53Q5VIR6 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
VPS53Q5VIR6 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC31.72■■■□□ 2.67
VPS53Q5VIR6 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC31.72■■■□□ 2.67
VPS53Q5VIR6 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.72■■■□□ 2.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms