Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL4A3Q01955 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL4A3Q01955 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL4A3Q01955 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL4A3Q01955 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
COL4A3Q01955 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL4A3Q01955 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
COL4A3Q01955 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL4A3Q01955 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL4A3Q01955 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
COL4A3Q01955 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL4A3Q01955 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL4A3Q01955 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL4A3Q01955 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL4A3Q01955 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A3Q01955 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A3Q01955 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A3Q01955 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL4A3Q01955 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL4A3Q01955 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL4A3Q01955 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL4A3Q01955 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL4A3Q01955 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
COL4A3Q01955 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL4A3Q01955 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL4A3Q01955 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL4A3Q01955 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL4A3Q01955 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL4A3Q01955 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL4A3Q01955 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL4A3Q01955 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
COL4A3Q01955 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
COL4A3Q01955 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
COL4A3Q01955 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC27.56■■■□□ 2
COL4A3Q01955 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC27.56■■■□□ 2
COL4A3Q01955 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC27.56■■■□□ 2
COL4A3Q01955 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC27.56■■■□□ 2
COL4A3Q01955 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
COL4A3Q01955 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC27.55■■■□□ 2
COL4A3Q01955 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL4A3Q01955 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
COL4A3Q01955 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL4A3Q01955 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL4A3Q01955 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
COL4A3Q01955 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL4A3Q01955 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
COL4A3Q01955 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL4A3Q01955 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL4A3Q01955 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL4A3Q01955 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL4A3Q01955 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL4A3Q01955 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL4A3Q01955 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL4A3Q01955 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL4A3Q01955 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL4A3Q01955 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL4A3Q01955 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL4A3Q01955 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL4A3Q01955 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL4A3Q01955 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL4A3Q01955 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL4A3Q01955 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL4A3Q01955 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL4A3Q01955 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
COL4A3Q01955 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL4A3Q01955 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL4A3Q01955 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL4A3Q01955 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL4A3Q01955 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL4A3Q01955 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL4A3Q01955 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL4A3Q01955 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL4A3Q01955 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL4A3Q01955 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL4A3Q01955 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL4A3Q01955 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL4A3Q01955 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL4A3Q01955 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
COL4A3Q01955 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL4A3Q01955 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL4A3Q01955 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC27.39■■□□□ 1.97
COL4A3Q01955 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.5 ms