Protein–RNA interactions for Protein: Q01581

HMGCS1, Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase, cytoplasmic, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGCS1Q01581 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
HMGCS1Q01581 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
HMGCS1Q01581 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HMGCS1Q01581 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HMGCS1Q01581 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
HMGCS1Q01581 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HMGCS1Q01581 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HMGCS1Q01581 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
HMGCS1Q01581 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
HMGCS1Q01581 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
HMGCS1Q01581 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
HMGCS1Q01581 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
HMGCS1Q01581 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
HMGCS1Q01581 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
HMGCS1Q01581 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
HMGCS1Q01581 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
HMGCS1Q01581 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
HMGCS1Q01581 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
HMGCS1Q01581 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HMGCS1Q01581 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HMGCS1Q01581 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC25.58■■□□□ 1.69
HMGCS1Q01581 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
HMGCS1Q01581 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
HMGCS1Q01581 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
HMGCS1Q01581 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HMGCS1Q01581 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HMGCS1Q01581 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HMGCS1Q01581 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HMGCS1Q01581 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HMGCS1Q01581 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HMGCS1Q01581 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HMGCS1Q01581 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.48■■□□□ 1.67
HMGCS1Q01581 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HMGCS1Q01581 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.47■■□□□ 1.67
HMGCS1Q01581 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HMGCS1Q01581 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HMGCS1Q01581 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HMGCS1Q01581 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
HMGCS1Q01581 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HMGCS1Q01581 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HMGCS1Q01581 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HMGCS1Q01581 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HMGCS1Q01581 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HMGCS1Q01581 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HMGCS1Q01581 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HMGCS1Q01581 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
HMGCS1Q01581 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HMGCS1Q01581 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HMGCS1Q01581 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HMGCS1Q01581 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HMGCS1Q01581 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
HMGCS1Q01581 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
HMGCS1Q01581 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HMGCS1Q01581 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HMGCS1Q01581 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HMGCS1Q01581 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HMGCS1Q01581 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HMGCS1Q01581 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HMGCS1Q01581 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HMGCS1Q01581 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HMGCS1Q01581 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HMGCS1Q01581 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HMGCS1Q01581 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HMGCS1Q01581 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HMGCS1Q01581 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGCS1Q01581 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGCS1Q01581 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HMGCS1Q01581 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HMGCS1Q01581 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HMGCS1Q01581 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HMGCS1Q01581 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HMGCS1Q01581 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HMGCS1Q01581 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGCS1Q01581 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGCS1Q01581 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGCS1Q01581 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGCS1Q01581 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGCS1Q01581 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HMGCS1Q01581 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HMGCS1Q01581 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
HMGCS1Q01581 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HMGCS1Q01581 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms