Protein–RNA interactions for Protein: P61968

LMO4, LIM domain transcription factor LMO4, humanhuman

Predictions only

Length 165 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMO4P61968 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LMO4P61968 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LMO4P61968 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LMO4P61968 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LMO4P61968 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LMO4P61968 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LMO4P61968 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LMO4P61968 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LMO4P61968 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LMO4P61968 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LMO4P61968 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LMO4P61968 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LMO4P61968 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LMO4P61968 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LMO4P61968 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LMO4P61968 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LMO4P61968 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LMO4P61968 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
LMO4P61968 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LMO4P61968 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LMO4P61968 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LMO4P61968 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LMO4P61968 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
LMO4P61968 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LMO4P61968 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LMO4P61968 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LMO4P61968 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LMO4P61968 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LMO4P61968 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LMO4P61968 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
LMO4P61968 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LMO4P61968 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LMO4P61968 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LMO4P61968 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LMO4P61968 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LMO4P61968 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LMO4P61968 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
LMO4P61968 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LMO4P61968 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LMO4P61968 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LMO4P61968 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LMO4P61968 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LMO4P61968 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LMO4P61968 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LMO4P61968 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LMO4P61968 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LMO4P61968 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LMO4P61968 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LMO4P61968 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMO4P61968 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMO4P61968 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMO4P61968 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LMO4P61968 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LMO4P61968 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LMO4P61968 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LMO4P61968 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LMO4P61968 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LMO4P61968 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LMO4P61968 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LMO4P61968 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LMO4P61968 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
LMO4P61968 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LMO4P61968 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LMO4P61968 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LMO4P61968 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LMO4P61968 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMO4P61968 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMO4P61968 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMO4P61968 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMO4P61968 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMO4P61968 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LMO4P61968 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LMO4P61968 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LMO4P61968 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LMO4P61968 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LMO4P61968 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LMO4P61968 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LMO4P61968 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
LMO4P61968 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LMO4P61968 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LMO4P61968 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LMO4P61968 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LMO4P61968 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LMO4P61968 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LMO4P61968 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LMO4P61968 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LMO4P61968 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LMO4P61968 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LMO4P61968 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LMO4P61968 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LMO4P61968 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LMO4P61968 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LMO4P61968 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LMO4P61968 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LMO4P61968 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LMO4P61968 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LMO4P61968 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LMO4P61968 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LMO4P61968 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LMO4P61968 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.2 ms