Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL8A1P27658 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL8A1P27658 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL8A1P27658 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL8A1P27658 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL8A1P27658 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL8A1P27658 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL8A1P27658 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL8A1P27658 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL8A1P27658 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL8A1P27658 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL8A1P27658 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL8A1P27658 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL8A1P27658 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL8A1P27658 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
COL8A1P27658 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL8A1P27658 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL8A1P27658 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL8A1P27658 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL8A1P27658 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL8A1P27658 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL8A1P27658 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
COL8A1P27658 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL8A1P27658 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL8A1P27658 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL8A1P27658 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL8A1P27658 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL8A1P27658 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL8A1P27658 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL8A1P27658 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
COL8A1P27658 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL8A1P27658 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL8A1P27658 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL8A1P27658 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL8A1P27658 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL8A1P27658 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL8A1P27658 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL8A1P27658 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL8A1P27658 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL8A1P27658 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL8A1P27658 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL8A1P27658 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL8A1P27658 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL8A1P27658 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL8A1P27658 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL8A1P27658 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL8A1P27658 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL8A1P27658 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL8A1P27658 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL8A1P27658 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL8A1P27658 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms