Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXD4P09016 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXD4P09016 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXD4P09016 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXD4P09016 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXD4P09016 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXD4P09016 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXD4P09016 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXD4P09016 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXD4P09016 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXD4P09016 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXD4P09016 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXD4P09016 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXD4P09016 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXD4P09016 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXD4P09016 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXD4P09016 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXD4P09016 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXD4P09016 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXD4P09016 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXD4P09016 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXD4P09016 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXD4P09016 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
HOXD4P09016 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
HOXD4P09016 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HOXD4P09016 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HOXD4P09016 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
HOXD4P09016 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC23.9■■□□□ 1.42
HOXD4P09016 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
HOXD4P09016 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXD4P09016 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC23.79■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXD4P09016 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXD4P09016 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXD4P09016 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXD4P09016 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXD4P09016 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXD4P09016 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXD4P09016 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXD4P09016 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 84.1 ms